يتمتع مركز وادى النطرون بمحافظة البحيرة، بمعالم سياحية دينية ترتبط برحلة العائلة المقدسة بعد خروجها من أرض فلسطين متوجهة إلى مصر حيث طوال الرحلة، ومنذ دخول الأراضى المصرية من الجهة الجنوبية للبحيرة وبوابتها مركز وادى النطرون، حدثت عدة معجزات سماوية منها نبع المياه العذب الذي ظهر وسط بحيرة مالحة أثناء بحث السيدة العذراء عن الماء ليشرب السيد المسيح؛ لتكرر المعجزة الإلهية مثل ما حدث مع السيد هاجر عندما ضرب سيدنا إسماعيل بقدمه الأرض فانفجرت منها الماء ولهذا أطلق المصريين على الينبوع بئر زمزم المصرى.
يرجع سبب تشبيه البئر ببئر زمزم؛ هو أن السيدة مريم العذراء عندما زارت مصر مع ابنها سيدنا عيسى “عليه السلام” وهو صغير، نزلت بالقرب من بحيرة السماء وكان ابنها شديد العطش ولكن البحيرة كانت شديدة الملوحة وغير صالحة لكي يشرب منها الطفل، فظلت السيدة مريم تدعو ربها لكي تستطيع أن تروي ابنها فتفجر ينبوع ماء عذب من وسط البحيرة .
ومازال هذا البئر موجودا حتى الآن داخل بحيرة السماء في وادي النطرون، على الرغم من أن عمره تجاوز الألفي عام، كما أن طعم المياه مختلفة عن مياه أي بئر آخر.
جدير بالذكر أن ماء بحيرة السماء التي يقع بها بئر زمزم المصري تعالج العديد من الأمراض، فهي تعد ثاني أكبر بحيرة علاجية بالعالم، حيث تحتوي على الأملاح الكبريتية وأملاح البوتاسيوم، التي تعالج عددا كبيرا من الأمراض الجلدية، بالإضافة إلى الصدفية والروماتيزم والتهاب المفاصل.
بئر زمزم المعروف لدي الجميع هو البئر المتواجد في مكة المكرمة فقط، ولكن ما يجهله العديد من الناس هناك بئر آخر موجود في مصر ليكون معجزة إلهية اخرى نزلت على ارض مصر وتكون منطقة وادي النطرون ونهى الأرض المباركة التى مرت بها العائلة المقدسة، ويقع البئر داخل بحيرة مالحة تسمي بحيرة السماء أو بحيرة الحمراء التي تقع في محافظة البحيرة